但是，航海所经之处的所闻所见使达尔文大开眼界。在《自传》中，他写道：“在‘贝格尔’号舰的航程中，我深深地被以下的事实所打动：第一，在彭巴（南美亚马孙河以南的无树大平原）的地层中所发现的巨大化石动物，覆被着现存犰狳的甲壳那样的甲壳；第二，整个大陆的密切近似动物的形态，自北而南，递相不同；第三，加拉巴哥群岛的大多数生物都具有南美生物的性状，特别是群岛中各个岛屿的生物却具有稍微不同的性状，而这些岛屿在地质学的意义上来看都不是很古老的。”这三大事实表明，首先，生物在时间上存在着连续性，化石的发现揭示了这一点；其次，生物在空间上同样存在着密切的相关性。这就是说，随着地理距离的逐渐伸展，物种呈现出逐渐的连续变化，小岛上的生物种类近似于附近大陆种类，也证明了这一点。
面对物种在变异上所表现出来的连续性，达尔文不由得问道：为什么上帝要如此煞费苦心地随着地理环境的逐渐变化而相应地创造出不同的物种？上帝这一不厌其烦的做法恰恰是极不经济的行为！如果这一切不是由上帝所操纵，那么答案只能是物种随着空间和时间的延续，逐渐发生了缓慢的变化。物种是变异的而不是亘古不变的，这一思想根本对立于基督教的神创论。自从达尔文有了物种变异思想之后，他就不再是一个虔诚的基督教徒了。他开始用自己的头脑去思索，地球上如此丰富的物种数目究竟从何而来？
带着上述疑问，达尔文航海回来后就一头扎进了物种起源问题的探寻之中。这个问题历来被人们视为神秘中之神秘。现在达尔文要亲手去除掉其神秘的光环。
自《世界科技英才录》
