水体含有微生物所需的各种营养，因而也是微生物的天然生境。水体中微生物除天然栖居者外，还有外来的，其中包括某些病原微生物。由外界进入水体的微生物，由于环境条件不适应而逐渐死亡，也有一小部分较长期地生存下来。某些病原微生物污染水体后，可引起传染病暴发流行。
从水环境中分离到的细菌大多是革兰氏阴性杆菌。有鞘和附属物的细菌大多是水生的。光合细菌作为初级生产者在水体元素循环中特别重要。
（二）水域微生物的数量和分布
微生物在水域中的数量和分布受水体类型与层次、污染情况、季节等各种因素影响。
在洁净的湖泊和水库中，有机物含量低，因此微生物数量很少，为10个/ml～103个/ml，主要是化能自养和光能自养菌。
流经城市的河水、港口附近的海水以及滞留的池水中，有大量有机物和腐生性细菌，每毫升水样含菌量达107个到108个。
海水温度低，含盐，故海洋中存在嗜冷、嗜盐菌，深海微生物还能耐很高的静水压。在海洋动物的体内外，栖息着大量发光细菌。
（三）研究水域微生物的一般方法
研究土壤微生物的基本方法大多适用于水体微生物，主要问题是：①采集不同断面、不同深度的水样而不污染。采上层水样时，用手握水样瓶的下部，瓶口要对着水流方向；采5m以内深水时，可用溶解氧采样器；几百米以下的水样需用深水采样器采集。③清洁的江河、湖泊、水库水和海洋水，含微生物稀少，水样需浓缩。最简易的方法是把微生物细胞截留在孔径为0.45 μm或0.22 μm的微孔滤膜上，滤膜贴放在用固体培养基制成的平板上培养。
2004-06-17 顾宗濂 《环境微生物工程》，南京大学出版社
