目前已发现的蝙蝠有590种，除1/5是巨蝙蝠外，其余为微蝙蝠。巨蝙蝠除了会飞以外，与微蝙蝠完全不同，应属于灵长目。在进化上，微蝙蝠的历史比巨蝙蝠早三千多万年，二者的进化方向也恰恰相反：巨蝙蝠越来越小，微蝙蝠越来越大。再者，两者的飞行模式也不同。以前也有生物学家主张巨蝙蝠不属于翼手目，因为它们有胸乳和长在体外的自由摆动的阴茎。
最重要的差别是在视觉上。微蝙蝠在夜问捕食是靠回声定位，而巨蝙蝠在傍晚捕食是靠大眼睛寻找水果与花朵。微蝙蝠连接眼睛与脑的神经为交叉式，这是典型的低等哺乳动物的模式；相反，巨蝙蝠却有精巧的、不同寻常的视觉系统，与灵长目完全相同。仅仅因为巨蝙蝠会飞，就把它归入翼手目是错误的。飞行与否在分类学上不足称道，而特殊的视觉系统仅灵长目才具有。所以，应当说，巨蝙蝠是会飞的灵长目动物。
