2． 许景澄（1900年春—1900年8月）
3． 张百熙（1902年1月—1904年1月）
4． 张亨嘉（1904年1月—1906年2月）
5． 李家驹（1906年3月—1907年8月）
6． 朱益藩（1907年8月—1908年1月）
7． 刘廷琛（1908年1月—1911年12月）
8． 柯劭愍（1910年12月—1911年12月）
9． 劳乃宣（1911年12月—1912年2月）
10． 严复 （1912年2月—1912年10月）
11． 章士钊（1912年10月—1912年12月）
12． 何燮侯（1912年12月—1913年11月）
13． 胡仁源（1913年11月—1916年12月）
14． 蔡元培（1916年12月—1927年7月）
15． 刘哲 （1927年8月—1928年6月）
16． 李煜嬴（1928年6月—1929年1月）
17． 陈大齐（1929年1月—1929年8月）
18． 蔡元培（1929年9月—1930年12月）
19． 蒋梦麟（1930年12月—1945年10月）
20．傅斯年 （1945年10月—1946年7月）
21． 胡适 （1946年7月—1948年12月）
22． 汤用彤（1949年5月—1951年9月）
23. 马寅初（1951年9月—1960年3月）
24． 陆平 （1957年10月—1966年5月）
25． 周培源（1978年7月—1981年3月）
26． 张龙翔（1981年6月—1984年3月）
27． 丁石孙（1984年3月—1989年8月）
28． 吴树青（1989年8月—1996年8月）
29． 陈佳洱（1996年7月—1999年12月）
30． 许智宏（1999年12月—2008年11月）
31． 周其凤(2008年11月—现在)
